Les cours d’eau calédoniens sont encore très mal connus. Si les scientifiques s’y intéressent à l’occasion de quelques missions et suivis pour mesurer les impacts d’activités industrielles ou minières, la grande majorité des creeks et des rivières sont encore vierges de toute exploration. La biodiversité qu’ils abritent est donc encore très mal connue. Les choses pourraient toutefois évoluer rapidement suite à une expérimentation menée depuis deux ans par les sociétés Spygen et Bio Eko, financée par le Centre national de recherche technique sur le nickel et son environnement (CNRT).

Le programme ADNe NC visait à évaluer la technique de l’ADN environnemental qui consiste à rechercher l’ADN des êtres vivants dans un écosystème pour vérifier leur présence. Cette méthode permettrait de s’affranchir de programmes relativement coûteux qui consistent actuellement à observer directement les espèces dans leur milieu, soit en plongeant, soit en ayant recours à la pêche électrique qui vise à étourdir les animaux pour les observer avant de les relâcher. Ces techniques nécessitent des moyens importants et présentent des risques pour les espèces étudiées.

Plus pratique et moins cher

L’avantage de l’ADN environnemental est d’avoir un coût très réduit, l’échantillonnage étant plutôt simple à réaliser. La seule contrainte est aujourd’hui le coût de séquençage de l’ADN. Un coût qui diminue régulièrement avec l’amélioration des technologies. Outre la question économique qui intéressera les gestionnaires et les industriels, l’ADN environnemental permet de repérer la présence de l’ensemble des espèces présentes, y compris les bactéries et les champignons. La bonne nouvelle est que les premiers résultats ne remettent pas en question l’outil en lui-même. Il reste toutefois à constituer une « bio banque » des ADN des espèces présentes afin de pouvoir comparer les séquences d’ADN contenues dans les échantillons.

Les scientifiques ont commencé à s’atteler à cette tâche en étudiant 47 espèces sur les 67 ciblées initialement. Petit bémol tout de même, la technique ne permet pas d’obtenir d’information sur l’état de santé des spécimens ni leur taille. Elle peut toutefois donner des indications sur l’abondance des espèces présentes. « Il y a en Nouvelle-Calédonie une biodiversité exceptionnelle mais nous avons relativement peu d’informations sur l’état des stocks et leur répartition », explique Yannick Dominique de la société Bio Eko. Cette méthode va permettre de faire des inventaires où l’on ne pouvait pas, la pêche électrique ne fonctionnant pas dans tous les cours d’eau. »

Un observatoire mondial de la biodiversité

« L’ADN environnemental change aussi la vision de la biodiversité, ajoute Tony Dejean de Spygen France qui travaille sur la technique depuis une dizaine d’années. Nous pouvons passer à une autre échelle en ayant accès à l’infiniment petit. » Le suivi des bactéries ou des champignons pourra par exemple permettre de comprendre l’effondrement d’une espèce alors que jusqu’à présent, on l’observait sans vraiment en comprendre les raisons. La technique est également utilisable pour les sédiments, ce qui donnerait un aperçu de la biodiversité passée. Des connaissances qui ouvriront de nouveaux horizons pour les scientifiques et les gestionnaires, et ce, d’autant plus que l’outil est également utilisable en mer. Une expérimentation sur les requins est d’ailleurs actuellement réalisée par un chercheur de l’IRD. Et selon Tony Dejean, les premiers résultats sont très encourageants même si la recherche a beaucoup moins de recul qu’en eau douce où l’on a aujourd’hui près de dix années de recul.

En mer, même si la logistique peut être relativement importante, les perspectives sont immenses. Le représentant de Spygen imagine, par exemple, que des paquebots ou des cargos puissent être équipés d’appareils capables de réaliser des prélèvements tout autour du globe. Une idée qui s’inscrit dans le projet de création d’Observatoire mondial de la biodiversité. Un projet français reposant sur une technologie française. Pour Tony Dejean, ne « pas se faire doubler par les Anglo-Saxons » est une affaire de principe.

Et la Nouvelle-Calédonie pourrait bien avoir un rôle à jouer en tant que hot-spot mondial de la biodiversité. Selon les chercheurs, la nouvelle plate-forme numérique de l’Université pourrait permettre de réaliser les séquençages d’ADN directement en Nouvelle-Calédonie (ils sont actuellement réalisés en Métropole), pour des échantillons prélevés sur le territoire, mais pas seulement. Il est en effet question de développer des partenariats à l’échelle régionale et notamment avec le Vanuatu ou encore Fidji.